Muzejska kolekcija sadrži veliki broj ličnih predmeta među kojima su pisaća mašina, lični računar, rokovnici, penkala, kao i predemeti koje je nosio u trenutku atentata - mobilni telefon, kravata, ručni sat, akten tašna. Kolekcija obuhvata i veliki broj nagrada i priznanja koje je dobijao dr Zoran Đinđić, među kojima su nagrada UNESCO-a, nemačka nagrada BAMBI, nagrada POLAK fondacije. Za potrebe virtuelnog muzeja predmete je ustupila gospođa Ružica Đinđić.
Lična biblioteka dr Zorana Đinđića sadrži oko hiljadu pet stotina knjiga, među kojima se nalazi 44 primerka starih i retkih srpskih knjiga (izdanja do 1867. godine), znatan broj knjiga iz prve polovine 20. veka na srpskom jeziku, posebno između dva svetska rata, sa odabranim delima iz oblasti književnosti i društvenih nauka, najviše istorije, filozofije i prava, knjige na stranim jezicima (nemačkom, engleskom, francuskom). Biblioteka sadrži i neke od najznačajnijih dela iz oblasti istorije ideje i društvenih nauka. Narodna biblioteka Srbije obavila je bibliografsku obradu kolekcije. Biblioteka je sačuvana u dobrom stanju u Fondaciji dr Zoran Đinđić i odražava opseg i dubinu interesovanja dr Zorana Đinđića.
Virtuelne šetnje omogućavaju posetiocima da po prvi put istraže prostore u kojima je radio dr Zoran Đinđić. Ture omogućavaju kretanje i posetu kabinetima dr Zorana Đinđića u Vladi Republike Srbije, Skupštini grada Beograda kao i privatnoj radnoj sobi.
Knjiga žalosti otvorena 13.03.2003. godine u vladi Republike Srbije povodom ubistva Predsednika Vlade Zorana Đinđića. Knjiga žalosti bila je izložena u Arhivu Srbije tokom 2009. godine na izložbi "Idejom i životom". Sve knjige žalosti, kao i ostala građa i dalje se čuvaju u Arhivu Srbije.